Ürünler

Proteom çapında fosforilasyon olaylarının analizi, protein fosforilasyon ağlarının muazzam karmaşıklığı nedeniyle hala büyük bir analitik zorluktur.Bu çalışmada, fosfoproteomun genel analizine katkıda bulunma yetenekleri açısından Lys-N, Lys-C ve tripsin tamamlayıcılığını değerlendiriyoruz.Düşük pH güçlü katyon değişiminin rafine bir versiyonu, N-terminal olarak asetillenmiş, fosforile edilmiş ve modifiye edilmemiş peptitleri verimli bir şekilde ayırmak için kullanıldı.Üç enzimin bir kombinasyonu kullanılarak 1 mg proteinden <%1'lik yanlış keşif oranıyla toplam 5036 fazlalık olmayan fosfopeptit tanımlanabilir.Verilerimiz, farklı proteazlarla üretilen fosfopeptit veri setleri arasındaki örtüşmenin marjinal olduğunu ortaya koyarken, benzer şekilde üretilmiş iki triptik veri seti arasındaki örtüşmenin en az 4 kat daha yüksek olduğu bulundu.Bu şekilde, Lys-N ve tripsin'in paralel kullanımı, tek başına tripsin ile karşılaştırıldığında tespit edilen fosfopeptitlerin sayısında %72'lik bir artış sağlarken, bir tripsin kopyası deneyi yalnızca %25'lik bir artışa yol açtı.Bu nedenle, yalnızca tripsin ve Lys-N verilerine odaklanırken, 4671 yedeksiz fosfopeptit belirledik.Tespit edilen bölgelerin daha fazla analizi, Lys-N ve tripsin veri setlerinin, önemli ölçüde farklı fosforilasyon motifleri açısından zenginleştiğini gösterdi; bu da, çoklu proteaz yaklaşımlarının fosfoproteom analizlerinde çok değerli olduğunu kanıtlıyor.